Skype hat sich hier unter E17 richtig komisch verhalten. Man konnte das Programm starten, aber die Oberfläche war einfach weg. Sonst stimmte alles, keine Fehlermeldung im Terminal.
Die Lösung in diesem Fall: in der ~/.Skype/shared.xml war eingetragen:
< UI>
...
< pos>
...
< X>-4668< /X>
So konnte natürlich nichts angezeigt werden, das Fenster wurde weit außerhalb des Desktops positioniert. Ein Ändern auf <X>0</X>brachteabhilfe.